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高苑工商青棒隊雖歷經2次組軍命運，但卻不減損該校在台灣棒球史上的地位，光是培育出一堆旅美、日好手，諸如曹錦輝、羅錦龍、陳鏞基、陳偉殷、鄭錡鴻、林英傑等人，加上台灣職棒好手陽建福、許志華、鄭志雄（改名為鄭達鴻）、周思齊、鄧蒔陽、許文雄、陳嘉宏、王信民、吳保賢等人，就可想見高苑工商的整體棒球水準。

第一次組隊是在1972年，當時吸收台東紅葉青少棒部分選手及各地好手，1975年隨即贏得第二屆全國青棒選拔賽亞軍，並有劉家齊、張拓榮、張文忠、林德章等人入選代表隊，赴美拿到世界冠軍。翌年原本在選拔賽前頗被看好，但卻連敗兩場，遭淘汰命運，隨後因球員來源及後援會問題，1977年球隊解散。

1993年由當時高雄縣縣長余政憲組織籌辦，吸收忠孝國中、美濃國中部分球員及宜蘭高商解散後隊員，以殘缺不全陣容重新組隊，1994年更禮聘蔡啟生為總教練，高苑工商青棒隊在極短時間內重新崛起，1996年拿下LLB世界青棒錦標賽冠軍，並把中華隊在此賽事勝場數推向100場紀錄。

1997-1999年完成全國高中棒球聯賽三連霸，並先後獲得王貞治盃冠軍、金龍旗青棒賽冠軍，成為台灣青棒史上非常重要的隊伍，由於高苑工商球衣是深綠色，因此也獲得台灣棒壇稱之為「綠色怪物」的稱號。1999年高苑工商贏得IBA選拔賽冠軍，第十八屆IBA世界青棒錦標賽中華代表隊便以高苑工商球員為班底，個個都是現今職棒場上叱吒風雲人物，包括曹錦輝、林英傑、許志華、鄭達鴻、周思齊等人。

近年來的成績：

1996年　85學年度高中棒球聯賽（硬式組）冠軍
1997年　86學年度高中棒球聯賽（硬式組）冠軍
1998年　87學年度高中棒球聯賽（硬式組）冠軍
1999年　88年第四屆金龍旗青棒賽冠軍
2000年　89學年度高中棒球聯賽（硬式組）冠軍
2000年　第五屆金龍旗青棒賽冠軍
2001年　90學年度高中棒球聯賽（硬式組）亞軍
2001年 第六屆金龍旗青棒賽冠軍
2002年 91學年度高中棒球聯賽（硬式組）冠軍
2006年　台北縣長盃青棒邀請賽冠軍
2007年　95學年度高中棒球聯賽（鋁棒組）亞軍
2007年　台北縣長盃青棒邀請賽殿軍